Las batallas de Peralonso y de Palonegro

Las primeras derrotas militares para el bando liberal comenzaron días más tarde de haber iniciado la guerra en la batalla de los Obispos en el Rio Magdalena el 24 de octubre de 1899. Pero el sector conservador, también se vio envuelto en problemas bastante delicados. Estos últimos se dividieron entre Históricos y Nacionalistas en un frenético intento de poner el país en orden ^{[cita requerida]}. Los primeros lograron derrocar al presidente Sanclemente para colocar a su sucesor José Manuel Marroquín. Por su parte los liberales nombraron presidente del país a Gabriel Vargas Santos para que opacara a los mandatarios constitucionales del sector conservador.

Conforme al avance de la guerra, ésta tomó un giro más represivo y cruel, incluso la población se dividió para tomar parte en cada bando de un modo más fanático, pese a los esfuerzos de cada partido por obtener victorias que luego serían ilusorias. Sin duda, las batallas de Peralonso y de Palonegro (Santander) pusieron al país en su lugar en cuanto a la magnitud de los daños que dejaba la guerra. En la primera, los liberales obtendrían su última victoria de manos de Rafael Uribe Uribe. En Palonegro (25 de mayo de 1900) los conservadores detuvieron a sus enemigos forzándolos a un combate de desgaste, seguidos por el sitio a la ciudad de Cúcuta.